1938年、第二次大戦開戦前夜のチェコスロヴァキア。イギリスのビジネスマン、ニコラス・ウィントンはナチス・ドイツによる迫害の危機にさらされていたユダヤ人の子どもたちを救うため、＜キンダートランスポート＞を実行し、チェコにおけるその中心人物となる。

しかし、彼らの行動に世界は冷たく、多くの国々が協力を拒否し、門戸を閉ざした。唯一子どもたちの入国を受け入れたのは彼の母国イギリス。ニコラスはイギリスで里親を探し、書類を偽造して、子どもたちを次々と列車で出国させていく。しかしその活動は1939年9月1日の第二次世界大戦勃発によって中止を余儀なくされてしまう。それから50年、発見された一冊のスクラップブックが彼の偉業を明らかにし、ニコラスとすでに高齢となった子どもたちの奇跡の再会が実現する。しかし、本当の感動の物語はそこから始まるー。