自然豊かな高知の田舎に住む17歳の女子高校生・内藤鈴（すず）は、幼い頃に母を事故で亡くし、父と二人暮らし。母の死をきっかけに歌うことができなくなっていた。曲を作ることだけが生きる糧となっていたある日、親友に誘われ、全世界で50億人以上が集うインターネット上の仮想世界＜Ｕ(ユー)＞に参加することに。＜Ｕ＞では、＜Ａｓ(アズ)＞と呼ばれる自分の分身を作り、まったく別の人生を生きることができる。歌えないはずのすずだったが、「ベル」と名付けた＜Ａｓ＞としては自然と歌うことができた。ベルの歌は瞬く間に話題となり、歌姫として世界中の人気者になっていく。数億の＜Ａｓ＞が集うベルの大規模コンサートの日。突如、轟音とともにベルの前に現れたのは、「竜」と呼ばれる謎の存在だった。乱暴で傲慢な竜によりコンサートは無茶苦茶に――。

高校2年生の夏、真琴は、医学部志望の功介、春に転校してきた千昭という二人の同級生と楽しく毎日を過ごしていた。ある日、真琴は、故障した自転車で遭遇した踏切事故の瞬間、時間を跳躍する不思議な体験をする。叔母の芳山和子に相談すると、それはタイムリープといい、年ごろの少女によくあることだと言う。真琴は、手に入れたその力をツイてない日常のささいな不満や欲望の解消に使い始めるようになった。突然おとずれたバラ色の日々。ところがタイムリープできる回数には限度があった。千昭の真琴への突然の告白をなかったことにしようとしたり、功介と同級生の果穂の仲を取りもとうとしたりしたことで残りがついに１回に。そして千昭にタイムリープしているんじゃないかと指摘され動揺した真琴は、最後のタイムリープを使いきってしまう。

人々は、ショッピングからゲーム、各種のコミュニケーション、そして行政手続きに至るまで、生活の多くをインターネット上の仮想世界“OZ（オズ）”で行うようになっていた。ある夏の日、友人の佐久間とともにOZの保守のアルバイトをしていた高校生・健二（けんじ）は、あこがれの先輩・夏希（なつき）から、一緒に彼女の田舎まで旅行をするという「バイト」に誘われる。長野の夏希の実家・陣内家（じんのうちけ）は、戦国時代から続く名家で、曾祖母の栄（さかえ）ばあちゃんを筆頭に個性豊かな面々がそろったエネルギッシュな大家族。バイトの内容は、この家族たちの前で夏希のフィアンセ役を演じるというものだった。

東京の郊外の大学に通う花（はな）は、おおかみの血を引く《おおかみおとこ》「彼」と恋に落ちた。共に暮らし始めた二人の間に生まれてきた子どもたちは、「人間とおおかみ」のふたつの顔を持つ、《おおかみこども》だった。二人は、雪の日に生まれた姉に雪（ゆき）、雨の日に生まれた弟に雨（あめ）と名づけた。4人のつつましくも幸せな日々は、「彼」の死によって突然奪われてしまう。残された花は、「二人をちゃんと育てる」と心に誓い、子どもたちが将来「人間か、おおかみか」どちらを選ぶこともできるように、豊かな自然に囲まれた田舎町のおんぼろの古民家に移り住むことを決意した。

この世界には人間の世界とは別に、もうひとつ「バケモノ」たちが住む世界がある。渋谷の街と平行しているバケモノの世界【渋天街＜じゅうてんがい＞】だ。ある日、バケモノ・熊徹に出会った少年・蓮は強さを求め、バケモノの世界へ行くことを決意した。少年は熊徹の弟子となり、九太という新しい名前を授けられる。当初はことあるごとにぶつかり合う2人だったが、いつしか本当の親子のような絆が芽生え始める。少年が逞しい青年となったある日。偶然にも渋天街から渋谷へ戻った九太は、高校生の少女・楓と出会う。新しい世界や価値観を教えてくれる楓との出会いによって、九太は自身が本当に生きるべき世界を模索し始める。そんな時、渋谷と渋天街の2つの世界が危機に陥る。

誰もがみんな“くんちゃん”だった―小さな男の子の成長と、過去と未来をつなぐ家族の物語！とある都会の片隅の、小さな庭に小さな木の生えた小さな家。ある日、甘えん坊のくんちゃんに生まれたばかりの妹がやってきます。妹に両親の愛情を奪われ、寂しさいっぱいのくんちゃん。そんな時くんちゃんは家の庭で自分のことを「お兄ちゃん」と呼ぶ、不思議な少女と出会います。彼女は未来からやってきた妹・ミライちゃんでした。ミライちゃんに導かれ、時をこえた家族の物語へと旅立つくんちゃん。むかし王子だったと名乗る謎の男との出会い、幼い頃の母との不思議な体験、そして父の面影を宿す青年からの教え。そこで初めて知る様々な「家族の愛」の形。果たして、くんちゃんが最後にたどり着いた場所とは？ミライちゃんがやってきた本当の理由とは―