今から約140年前――動乱の幕末。最強の暗殺者と恐れられ、＜人斬り抜刀斎＞と呼ばれた男がいた。神より速く、修羅より強い、維新の志士。一対多数の戦いを得意とし、剣を抜いたら最後、生き残る者はいない。戦いが終わり、明治という新しい時代が訪れ、抜刀斎は姿を消した。「最強」の伝説だけを残して――。あれから10年、いまだ乱れた世に現れた、ひとりの男。斬れない刀＝逆刃刀で人を助ける、流浪人・緋村剣心。もう決して人は殺さない＜不殺（ころさず）の誓い＞を立てた抜刀斎だった。大切な人たちが平和に暮らせる時代を作るため、いま剣心の真の戦いが始まる――！

動乱の幕末で「最強」の伝説を残した男、緋村剣心。かつては“人斬り抜刀斎”と恐れられたが、新時代を迎えて、神谷薫ら大切な仲間たちと穏やかな日々を送っていた。そんな時、剣心は新政府から、剣心の後継者として“影の人斬り役”を務めた志々雄真実を討つよう頼まれる。新政府に裏切られ焼き殺されたはずが、奇跡的に甦った志々雄は、京都で戦闘集団を作り上げ、日本征服を狙っていた。剣心は必死で止める薫に「今までありがとう」と別れを告げ、京都へ向かう。かつては剣の腕も頭脳も剣心と互角だったが、今や誰もが恐れる魂の凶悪さを持つ最狂の敵、志々雄とついに宿命の対面を果たす剣心。だが、志々雄は部下の瀬田宗次郎に相手を命じ、宗次郎の最速の技で、なんと剣心の逆刃刀が真っ二つに！さらに剣心は、志々雄一派以外にも敵がいると知る。剣心に勝って己こそが最強だと証明しようとしている元御庭番衆の四乃森蒼紫だ。逆刃刀を失くした剣心は、不殺＜ころさず＞の誓いを破らずに、何人もの敵を倒すことができるのか？最大の危機に立つ剣心のもとへ、薫と仲間たちが駆け付ける。だが、志々雄の企てた京都大火の炎の影に、もっと恐るべき陰謀が隠されていた──！

日本征服を狙う志々雄を阻止するため京都に辿り着いた剣心は、志々雄一派に立ち向かうが、志々雄は甲鉄艦・煉獄で東京へ攻め入ろうとしていた。志々雄に連れ去られた薫を助けるために剣心は海へ飛び込み、一人岸へ打ち上げられたところを、師匠の比古清十郎に拾われる。今の自分では志々雄を倒せない――剣心は清十郎に奥義の伝授を懇願する。一方、剣心が生きていると知った志々雄は政府に圧力をかけ、剣心を人斬り時代の暗殺の罪で公開打ち首にするよう命じる。果たして、最大の危機に立たされた剣心は、最狂の敵に打ち勝ち、行方不明の薫と生きて再び会うことができるのか―？

かつて〈人斬り抜刀斎〉として恐れられ、激動の幕末を刀一本で戦い抜いた男、緋村剣心。新時代を迎え、二度と人を殺さないと誓う。斬れない〈逆刃刀（さかばとう）〉に持ち替え、日本転覆を狙った志々雄真実をはじめ数々の敵との死闘を乗り越えた今は、仲間たちと平穏な日々を送っていた―。しかしある日、東京が何者かに攻撃され、次々と大切な人々がおそわれた剣心は、次第に追い詰められていく。憔悴しきった彼の前に現れたのは、あの志々雄真実に武器や軍艦を送り込んでいた上海マフィアの頭目・雪代縁。剣心の〈十字傷の謎〉を知る彼こそが、剣心自ら生み出してしまった最恐最悪の敵だった。剣心に強烈な恨みを持ち、剣心だけではなく〈剣心が作った新時代〉をも破壊するため〈人誅（じんちゅう）〉を仕掛けてくる！一体なぜ？何のために？すべてを悟った剣心は「自分のせいでござる」と、薫や仲間たちを集め語り始める。それは、剣心の過去に大きく関係し、決して消えることのない十字傷の謎へとつながっていく。それは、今まで明かされることがなかった＜十字傷＞の謎に迫る「るろうに剣心 最終章 The Beginning」へ続いていく。動乱の幕末期と明治維新後の新時代の2つの時代を通して描く！2つの作品を通して描かれる「るろうに剣心」史上最高のクライマックス。「るろうに剣心」のすべてがここにある―。

動乱の幕末。緋村剣心は、倒幕派・長州藩のリーダー桂小五郎のもと暗殺者として暗躍。血も涙もない最強の人斬り・緋村抜刀斎（ひむらばっとうさい）と恐れられていた。ある夜、緋村は助けた若い女・雪代巴（ゆきしろともえ）に人斬りの現場を見られ、口封じのため側に置くことに。その後、幕府の追手から逃れるため巴とともに農村へと身を隠すが、そこで、人を斬ることの正義に迷い、本当の幸せを見出していく。 しかし、ある日突然、巴は姿を消してしまうのだった…。＜十字傷＞に秘められた真実がついに明らかになる――。