第1話 　 リターン・トゥ・ウォーター part1

水道局の水を調べていたFBI捜査官が変死。調査に向かったドゲットは、水中でも無呼吸で動き回れる女性に遭遇する。

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第2話 　 リターン・トゥ・ウォーター part2

女性はドゲットの戦友で、政府の極秘実験で作られたスーパー・ソルジャーだと言う。2人は証拠を求めて軍の特殊船へ。

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第3話 　 ダイモニカス

老夫婦殺害犯は精神病院の脱走患者か。2人はその病院で、元歴史宗教学の大学教授だった患者コボルトに出会う。

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第4話 　 4-D

パラレル・ワールドを自由に行き来する連続殺人犯ルケシュ。ドゲットは彼に植物人間にされ、レイエスはある決意をする。

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第5話 　 蠅の王

頭部陥没で変死した高校生の脳は蠅の幼虫に喰われていた。スカリーは蠅が反応する特殊なフェロモンが原因だと推理。

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第6話 　 トラスト・ノー・ワン

スーパー・ソルジャー情報の提供を申し出る人物が出現、モルダーとの接触を要求するが、スカリーは監視されていた。

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第7話 　 ジョン・ドー

メキシコで目覚めたドゲットはすべての記憶を失っていて、麻薬組織に雇われる。彼の記憶喪失はある人物の仕業だった。

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第8話 　 境界

生きながら皮を剥がされる悪夢に悩む男が夢通りの状態で変死。彼に話を聞いた友人は同じ症状に悩むようになる。

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第9話 　 神託 Part1

スカリーは不法入国者がもっていた書類からUFO発見の手掛かりを追う。息子ウィリアムを誘拐しようとする陰謀が。

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第10話 　 神託 Part2

ウィリアムを誘拐したカルト教団は、地底に埋もれていたUFOを発掘中だった。彼らはウィリアムを神の子だと言うが。

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第11話 　 オードリー

交通事故に遭ったレイエスは、二度と意識が戻らないと診断される。臨死状態をさまよう彼女の意識はある陰謀に気づく。

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第12話 　 化体

かつてドゲットが逮捕した殺人犯がDNA鑑定の結果、無罪になるが彼の周囲で怪現象が。レイエスは化体現象だとにらむ。

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第13話 　 数秘術

数秘術を使った連続殺人事件が発生。犯人は悪魔の数字6に執着する男で、次の殺害相手にスカリーとレイエスを選ぶ。

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第14話 　 モンスター

8歳のトミーの母はナイフで16回も刺して自殺。トミーは、母を殺したのはモンスターで、父はそれを知っているという。

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第15話 　 英雄に捧ぐ

大学教授が臓器をえぐられて死亡。ローンガンメン3人は事件の背後のバイオ・テロを察知し、その阻止を試みる。

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第16話 　 ウィリアム

FBIに火傷で容貌が崩れた男が侵入、拘束されるが、正体を明かさない。ドゲットは男がモルダーではないかと疑うが。

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